La responsabilidad de ejercer control fiscal fue determinada en 1923 cuando siendo Presidente de la República el General PEDRO NEL OSPINA, encomendó la misión KEMMERER, la tarea de establecer un sistema de control fiscal con proyecciones hacia el futuro. Como era obvio el economista Norte Americano, tomó las realidades económicas del país, trazó normas de índole fiscal y determinó las funciones del personal que debía desempeñarlas, recomendó entre otras cosas la creación de la Contraloría General del República como organismo fiscalizador de la hacienda pública.
Con el acto informativo de la Constitución Nacional en 1944 que permitió configurar la Ley 13 de 1947, mediante la cual se creó el Departamento del Chocó, se dio el primer paso para el establecimiento de la Contraloría General del Departamento del Chocó; la cual nació en el año 1950 siendo su primer Contralor el señor SERGIO ABADÍA ARANGO.
El artículo 267 de la constitución política de Colombia, eliminó el ejercicio de control fiscal de manera previa y preventiva, para dar paso al ejercicio de control fiscal de forma posterior y selectiva, enmarcada en la vigilancia de los principios de eficiencia, eficacia, economía, equidad y valoración de los costos ambientales; se dejó de lado la aplicación del control numérico legal, para evaluar la gestión y los resultados obtenidos por los gestores públicos en la administración de los recursos del estado.
A partir de la promulgación de la Constitución Política de Colombia de 1991, se han expedido normas como la Ley 42 de 1993, reglamentan el ejercicio del Control Fiscal, en el cual la Contraloría General de la República ha iniciado un proceso de cambio de metodología para la aplicación de los controles.
La Ley 330 de 1996 en artículo 2° establece que las Contralorías Departamentales son organismos de carácter técnico, dotadas de autonomía administrativa, presupuestal y contractual, que en ningún caso podrán ejercer funciones administrativas distintas de la inherentes a su propia organización.
Debido a las deficiencias de personal, éste Órgano de Control, no ha venido cumpliendo sus funciones Constitucionales y Legales, lo cual se refleja en las continuas observaciones y recomendaciones que realiza la Auditoría General de la República Seccional I (con sede en Medellín), referente al cumplimiento de los planes y programas, los procedimientos en el desarrollo de los procesos misionales y en la aplicación de las metodologías establecidas para tal fin.